Jetzt habe ich mir wieder eine Nacht um die Ohren gehauen und ich schaffe es auch nach dem 10. Versuch (!!!) einfach nicht, den Shop in einem Unterverzeichnis zum Laufen zu bringen. 
Immer funktioniert irgendein Link nicht. Mal findet er seine eigene Startseite nicht und landet immer auf der Startseite des Shops im Hauptverzeichnis, mal findet er die Links zu den Contents (sprich AGB, Lieferbedingungen usw.) nicht, dann findet er in der Kategorie (bei entsprechend vielen Artikeln) die zweite Seite nicht, oder er findet im Admin Bereich die Rubriken (sprich Konfiguration, Produkte usw) nicht, oder er findet gleich den ganzen Admin-Bereich nicht usw. usw. usw.
Nun ist ja hier im Forum immer irgendjemand so nett und hilft mir weiter. Nur wenn ich das dann mache, ist zwar das eine Problem gelöst, aber das andere taucht wieder auf.
Leider weiß ich überhaupt nicht, was die ganzen Ordner und Dateien, und das was da drin steht, die Begriffe und Zeichen, was das alles bedeutet und bewirkt.
Gibt es vielleicht irgendjemanden, der einen Dummi wie mich mal bei der Hand nehmen und mir sagen kann, in welcher Reihenfolge ich in genau welchen Ordnern und Dateien an exakt welcher Stelle genau was löschen/ändern/ergänzen muss, damit dieser Shop in einem Unterverzeichnis https://support.commerce-seo.de/www.hauptshop.de/shop2 vollständig mit allen Links funktioniert?
Ihr rettet mich vor dem Wahnsinn und ich wäre ausgesprochen dankbar.
Schließlich habe ich für viel Geld Ware im Lager liegen, die ich nun endlich mal verkaufen will.
Gruß
Der restlos verzweifelte Kaspar